A vízipipa füstje ártalmatlan, mert átszűrődik egy szűk, vizet tartalmazó tartályon.
A füst ilyen módon nem tisztul meg, a mérgező anyagok így mindenképpen be fognak jutni a szervezetbe. A veszélyes szénmonoxid is akadálytalanul jut a pipából a tüdőbe. Ezenkívül a vízipipázás sok esetben tovább tart, mint a cigarettázás, így a mérgező vegyületekből is több kerülhet a szervezetbe.
A vízipipázás során kevesebb nikotint viszünk be a szervezetünkbe, ezért az egészségesebb a cigarettázásnál.
A nikotin kis része kivonódik a vízben, de a többsége így is megmarad a füstben, és mivel a vízipipát tovább szívják alkalmanként, így hasonló mennyiségben jut a szervezetbe nikotin mindkét esetben. Sőt a hosszan tartó (akár 45 perces) használat miatt többször fordul elő nikotinmérgezés a vízipipát használók körében.
A vízipipázás kevésbé irritáló, ezért kevésbé káros a légzőszervrendszerre is.
A füst rengeteg olyan veszélyes méreganyagot tartalmaz, amelyek károsítják a tüdő működését. A kutatások hasonló légzőszervrendszeri elváltozásokat mutattak a vízipipa és a cigarettázás között, ami azt jelenti, hogy a vízipipázásnak hasonló káros hatásai vannak, mint a mély inhalációs cigarettázásnak.
A vízipipa-dohányhoz adott gyümölcs egészségessé teszi a vízipipázást.
A szárított gyümölcsöket ízesítés céljából keverik a vízipipa-dohányba, ami semmiképpen sem pótolja például a napi C-vitamin szükségletet. A vízipipázás ugyanolyan káros, mint a cigarettázás, rendszeres használata tüdő-, légcső-, szájüregi és húgyhólyag rákot okozhat. Felelős továbbá az érelmeszesedésért, illetve a koszorúér betegségek kialakulásáért is. Az előbbiekben említett veszélyek, illetve a fiatalok közötti egyre növekvő használata miatt nemsokára a vízipipa-dohány csomagolásán is rajta lesznek a cigis dobozokról már ismert egészségvédő képek.